L’OCDE est dirigée par un Conseil composé des représentants de tous les pays membres. Un Secrétaire général est nommé par le Conseil pour une durée de cinq ans.
L’Organisation est financée principalement par des contributions statutaires et volontaires de ses pays membres, dans le cadre d’un Programme de Travail et de Budget biennal.
Au travers du budget, le Conseil accorde les autorisations d’engagements, autorise les budgets nécessaires au fonctionnement de l’Organisation et la remise des résultats approuvés. Il détermine également le montant des contributions des pays membres en tenant compte des autres ressources de l’Organisation. Tous les pays membres de l'OCDE financent le budget Partie I.
Les barèmes de contributions sont à la fois fondées sur un pourcentage à parts égales et un barème proportionnel à la taille relative de leurs économies.
Les programmes de la Partie II sont financés selon un barème de contributions ou par accord particulier entre les pays participants. Les budgets de la Partie II accueillent, pour certains, un nombre important de participants non membres en plus des pays membres finançant ces programmes. Les autres principaux postes budgétaires sont le régime de pensions et les publications.
L'approbation du budget par le Conseil habilite le Secrétaire général, sous réserve de conditions particulières édictées par le Conseil, à :
- engager, ordonnancer et payer toutes dépenses à la charge de l’Organisation, pour les buts visés, dans la limite des crédits alloués ou des autorisations d’engagements
- percevoir les recettes inscrites au budget, ainsi que toute autre ressource revenant à l’Organisation dans le cadre de son programme de travail
L’OCDE a droit aux privilèges et immunités diplomatiques, de même que ses agents et les représentants des pays membres. L’OCDE est exonérée d'impôt sur ses recettes et dépenses. L’Organisation établit des états financiers annuels conformes aux normes IPSAS.