Parmi les institutions de l’UE, il en est deux qui jouent un rôle moteur : la Commission européenne (responsable de la gestion de la majorité des fonds) et la BEI. Au sein de la Commission, la Direction générale des partenariats internationaux (DG INTPA, anciennement DEVCO) a pour mission de définir la politique générale de l’UE en matière de coopération internationale et de développement, notamment pour ce qui concerne la coopération avec l’Afrique subsaharienne, l’Asie et le Pacifique, ou encore l’Amérique latine et les Caraïbes. La Direction générale Politique européenne de voisinage et négociations d’élargissement (DG NEAR) conduit les efforts de coopération avec les voisins orientaux et méridionaux de l’UE. La Direction générale de la protection civile et des opérations d’aide humanitaire européennes (DG ECHO) est responsable de l’assistance humanitaire. La BEI fonctionne avec ses propres ressources et, à travers les mandats confiés par la Commission, avec les fonds de développement de l’UE. Le Service européen pour l’action extérieure (SEAE) coordonne la politique étrangère de l’UE, participe à la programmation des activités de coopération et administre les délégations de l’UE. Afin de coordonner leurs actions, toutes les institutions de l’UE, ainsi que les États membres, ont signé le « Nouveau consensus européen pour le développement » et œuvrent de concert dans le cadre de « Team Europe ».
La DG INTPA compte 3 600 agents, dont 1 250 (34.7 %) sont basés à Bruxelles, et 2 350 (65.3 %) se trouvent dans des délégations auprès de pays hors de l’UE. La DG NEAR compte 1 650 agents basés à Bruxelles. La DG ECHO compte 900 agents, qui sont, pour la moitié d’entre eux basés à Bruxelles, et pour l’autre moitié dans 45 bureaux à l’étranger. Le SEAE compte 2 000 agents (46.5 %) à Bruxelles et 2 300 (53.5 %) dans les délégations de l’UE dans le monde entier.