Le soutien des prix du marché représente la majeure partie de l’ESP au Japon. Les principaux produits agricoles, comme le riz, le blé, l’orge et les produits laitiers, sont soumis à un régime de contingents tarifaires, avec des droits de douane élevés hors contingent. Par exemple, s’agissant du riz, les droits hors contingent s’élèvent à 341 JPY (3.0 USD) par kg, le contingent tarifaire est de 682 200 tonnes (riz blanchi) et la marge maximale pour les importations est fixée à 292 JPY (2.6 USD) par kg. La viande porcine et bovine fait quant à elle l’objet de prix administrés et d’un droit de douane à l’importation. Les importations du riz sont opérées par une agence d’état, et relèvent de l’engagement d’accès minimal pris par le Japon dans le cadre de l’Accord de l’OMC sur l’agriculture.
S’agissant de l’agriculture d’altitude, les paiements de soutien aux revenus octroyés pour les cultures d’altitude (blé, orge, soja, betterave sucrière, pomme de terre féculière, sarrasin et colza) sont versés sous forme de paiements fondés sur la superficie et de paiements basés sur la production. Les paiements fondés sur la superficie sont déterminés d’après la superficie consacrée à la culture l’année même, tandis que les paiements basés sur la production dépendent du volume des ventes, mais le taux de la subvention varie en fonction de la qualité et de la variété. S’agissant de la riziculture, une aide à la diversification des cultures, qui est subordonnée à la préservation d’un environnement favorable de rizières, est versée aux agriculteurs qui abandonnent la culture de riz de table au profit d’autres cultures (par exemple, blé, soja).
Il est possible de souscrire à une assurance récolte pour un vaste éventail de produits. Celle-ci couvre principalement les pertes de rendement dues à des catastrophes naturelles, mais peut s’étendre à la détérioration de la qualité des cultures et aux pertes liées aux intrants (par exemple, animaux ou serres) pour certains produits. La participation au programme d’assurance récolte est facultative dans la plupart des cas, mais obligatoire pour ceux dont les cultures de riz, de blé ou d’orge dépassent une certaine échelle. Le soutien du gouvernement couvre une partie de la prime d’assurance. Le paiement fondé sur les revenus indemnise les agriculteurs lorsque leurs revenus sont inférieurs à une moyenne historique. Plus précisément, lorsque les revenus totaux tirés des cultures faisant partie du programme (riz, blé, orge, soja, betterave sucrière et pomme de terre féculière) diminuent, le programme indemnise l’agriculteur à hauteur de 90 % de la perte de revenus subie, jusqu’à concurrence des versements de l’assurance récolte. Les revenus actuels sont comparés à la moyenne des revenus des cinq dernières années, établie après exclusion du revenu le plus bas et du revenu le plus haut; les revenus actuels et passés sont calculés à partir des rendements et des prix régionaux moyens. Le paiement provient d’un fonds auquel cotisent les agriculteurs (25 %) et l’État (75 %).
Les agriculteurs à titre principal (« ninaite »), définis comme des unités de gestion agricole qui sont déjà des exploitations efficientes et stables, ou qui visent à le devenir, peuvent prétendre aux paiements de soutien aux revenus pour les cultures d’altitude (qui sont fonction de la superficie ou de la production) et aux paiements fondés sur les revenus. Il existe trois types d’agriculteurs à titre principal : les agriculteurs certifiés et les nouveaux agriculteurs certifiés sont ceux dont le plan de gestion de l’exploitation reçoit l’aval des autorités ; les coopératives agricoles communautaires sont des groupements de ménages agricoles qui gèrent leurs exploitations collectivement. Pour attirer la nouvelle génération, le Japon subventionne les nouveaux jeunes agriculteurs pendant une période de formation (deux ans maximum) et les premières années d’exploitation (cinq ans maximum). Un montant maximum de 1.5 million JPY (13 369 USD) est versé chaque année aux personnes répondant aux conditions requises. Les banques de terres agricoles (entreprises publiques pour le regroupement des terres agricoles au bénéfice des agriculteurs à titre principal par la location et la sous-location) ont été mises en place depuis 2014 en vue de regrouper les terres agricoles. Ces banques remettent en état les terres agricoles et l’infrastructure si nécessaire, puis louent ces terres regroupées à des agriculteurs à titre principal. Les propriétaires terriens qui louent leurs terres aux banques de terres agricoles reçoivent des subventions.
Le pays réalise depuis longtemps des investissements publics afin d’améliorer l’infrastructure rurale, par exemple les terres agricoles, les routes agricoles, les systèmes d’irrigation et les installations de drainage. Le gouvernement soutient les activités des coopératives locales qui préservent et améliorent la qualité des ressources locales, comme l’entretien des canaux, par le biais du programme appelé paiement multifonctionnel. Des paiements directs aux exploitations respectueuses de l’environnement sont destinés aux agriculteurs qui utilisent moins de pesticides et d’engrais chimiques, ainsi qu’à ceux qui adoptent des pratiques agricoles prévenant le réchauffement climatique et préservant la biodiversité. Les paiements directs aux agriculteurs des régions vallonnées et montagneuses visent à éviter l’abandon des terres agricoles et à maintenir le rôle de l’agriculture, par exemple dans la protection environnementale et dans la préservation des paysages.
En ratifiant l’Accord de Paris sur le Climat, le Japon s’est engagé, par l’intermédiaire de sa contribution prévue déterminée au niveau national (CPDN), à réduire les émissions de l’ensemble de son économie de 26.0 % par rapport aux niveaux de 2013 d’ici 2030. Les secteurs de l’agriculture, de la sylviculture et de la pêche contribuent à des réductions de 2.8 % en favorisant le matériel économe en énergie, les engrais biologiques, l’optimisation des engrais, la séquestration du carbone dans les terres agricoles et la gestion forestière. Pour ce qui est de l’adaptation au changement climatique, le gouvernement a défini un plan d’adaptation afin d’examiner de quelle façon développer la résilience aux effets du changement climatique.
Le Japon est partie à 15 accords de partenariat économique (APE) (conclus avec Singapour, le Mexique, la Malaisie, le Chili, la Thaïlande, l’Indonésie, le Brunei Darussalam, l’ASEAN, les Philippines, la Suisse, le Viet Nam, l’Inde, le Pérou, l’Australie et la Mongolie). Les échanges avec ces pays partenaires représentent 25 % des importations agroalimentaires du Japon et 21 % de ses exportations (moyenne 2015-2017). Le Japon négocie actuellement plusieurs nouveaux APE, notamment des APE bilatéraux avec la Colombie et la Turquie, ainsi que des APE multilatéraux, dont l’accord de libre-échange (ALE) Japon-Chine-Corée et le Partenariat économique régional global (RCEP).