En 2016, le solde migratoire était positif en Estonie pour la troisième année consécutive. Selon l’Office statistique d’Estonie, 14 800 personnes ont immigré en Estonie et 13 800 personnes en sont parties en 2016, soit un solde migratoire légèrement supérieur à 1 000. La plupart était des ressortissants estoniens (48 % des immigrés et 66 % des émigrés). Le solde migratoire des ressortissants estoniens était négatif. Depuis 2016, l’Office statistique d’Estonie calcule la migration externe en fonction d’un indice de résidence : une personne qui passe du statut de résident à celui de non-résident est un émigré, et le changement de statut inverse correspond à une immigration (hors naissance ou décès). Cela s’est traduit par une intensification des flux migratoires enregistrés, ce qui doit être pris en compte lorsque l’on compare les données migratoires de 2016 à celles des années précédentes. Les statistiques estoniennes relatives à la migration externe reflètent désormais mieux la réalité, bien que les pays d’origine et de destination de la plupart des immigrés et émigrés demeurent inconnus.
En 2016, la plupart des immigrés (88 %) étaient originaires d’Europe, principalement d’Union européenne. Leurs principaux pays d’origine étaient la Finlande (45 %), l’Ukraine (11 %) et la Russie (11 %).
En 2016, l’Estonie a délivré quelque 6 700 nouveaux permis de séjour temporaire à des étrangers – hors renouvellements, mais en tenant compte des changements de statut et des changements d’employeur ou de poste – soit 36 % de plus qu’en 2015. Toutefois, le nombre de renouvellements des permis de séjour a diminué de 34 % (à près de 4 900) par rapport à 2015. La hausse du nombre de permis de séjour temporaires est principalement imputable à un amendement de la Loi relative aux étrangers en janvier 2016, qui a mis en place une nouvelle catégorie de permis de séjour, à savoir un permis de séjour temporaire en vue d’une installation permanente. Suite à cela, on a enregistré une hausse considérable du nombre de personnes de nationalité indéterminée ayant reçu un permis de séjour (112 %). De nombreux ressortissants de la Russie, d’Ukraine, ainsi que d’Inde et du Nigeria ont également reçu un permis de séjour pour s’établir de manière permanente en Estonie. Le nombre de permis de séjour pour raisons professionnelles ou pour études a également augmenté, respectivement, de 13 et 9 %. Le nombre de prolongations des permis de séjour a diminué d’un tiers, du fait que l’on comptait moins de titres de séjour parvenant à expiration, et que les personnes dont le titre avait expiré avaient tendance à demander un nouveau permis de séjour permanent. Les prolongations des permis de séjour délivrés pour raisons professionnelles ou pour études ont augmenté de, respectivement, 67 et 21 %. L’Estonie accueille peu de demandeurs d’asile ; en 2016, le nombre de demandeurs d’asile a diminué de 52 % par rapport à l’année précédente.
Les pays de l’UE demeurent les principaux pays de destination des émigrés estoniens. Le principal pays de destination demeure la Finlande, qui a accueilli pas loin de 2 700 Estoniens (58 %), suivie du Royaume-Uni (9 %). On compte également des pays non membres de l’Union européenne parmi les pays de destinations, comme l'Ukraine, la Russie et l’Australie.
La plupart des modifications du droit d’asile font suite aux amendements de la Loi sur l’octroi d’une protection internationale aux étrangers, qui est entrée en vigueur en mai 2016, et transpose les directives relatives aux conditions d’accueil et aux procédures d’asile dans la loi estonienne. Cette loi dispose désormais qu’une demande d’asile doit être enregistrée dans un délai de trois jours ouvrés, ou dix jours si le nombre de demandes de protection internationale déposées rend le respect de ce délai impossible dans la pratique. Elle oblige également les bénéficiaires de la protection internationale à prendre part au module protection internationale du Programme d’accueil.
L’Estonie lutte contre l’immigration irrégulière en renforçant la coopération dans la lutte contre le trafic d’êtres humains et l’emploi illégal, et avec les services de garde-frontières des pays voisins. Plusieurs initiatives ont également été mises en œuvre pour moderniser les équipements utilisés dans le cadre des contrôles aux frontières. Afin de faciliter le retour des migrants en situation irrégulière, l’Estonie a lancé en 2016 une base de données recensant les étrangers séjournant irrégulièrement dans le pays, afin de mieux les identifier.
La plupart des réformes visant les migrations économiques ont eu lieu en 2016, mais la Loi sur les étrangers et d’autres lois apparentées ont fait l’objet de nouveaux amendements en 2017, afin d’encourager l’immigration en Estonie. Ces amendements visent principalement à attirer des travailleurs qualifiés étrangers, des start-up et des investisseurs, ceux qui investissent plus d’un million EUR bénéficiant d’une réglementation spécifique. Les professionnels et start-up spécialisés dans les technologies de l’information sont également exemptés des quotas d’immigration. Le seuil de rémunération pour l’embauche un travailleur étranger a été abaissé de 1.2 à 1 fois le salaire brut moyen estonien. La liste des secteurs dans lesquels il est possible d’embaucher des travailleurs étrangers de manière temporaire ou saisonnière a été étendue. Il est désormais possible de demander un visa ou un permis de long séjour en étant déjà présent en Estonie, et les procédures de demande ont été simplifiées. En outre, depuis octobre 2017, un permis de séjour est automatiquement accordé – sans que les parents aient besoin d’en faire la demande – aux enfants nés ou arrivés en Estonie immédiatement après leur naissance.